淋菌性直肠炎与溃疡性结肠炎，尤其是和溃疡性直肠炎在临床表现和病理改变方面，几乎是一样的，因此极易混淆，一般都把淋菌性直肠炎误诊为溃疡性结肠炎或溃疡性直肠炎。可以说淋菌性直肠炎属于特异性的直肠炎症，有明确的感染菌，并且具有传染性，它的主要发病部位在泌尿生殖系统，几乎都由性接触而感染，所以当怀疑是淋菌性直肠炎时，一定要详细询问病史，检查外生殖器官有无脓性分泌物和用肛门分泌物培养淋球菌。溃疡性结肠炎属非特异性的大肠炎症，无明确的病因，也没有传染性，发病与性接触无关，多数患者的发病是一个慢性过程，时好时坏，实验室检查培养不出淋球菌。只要详细了解病史和做实验室检查，二者不难鉴别。