根据细菌和人体的利害关系，我们将胃肠道的正常菌群分为三类。

1、共生性类型(如类杆菌、优杆菌、消化球菌、双歧杆菌)：这些菌主要是专性厌氧菌，是生理性微生物，对人体有益无害，它们数量大，恒定存在，在生态平衡时，不会对人体产生不良反应，并通过参与维生素及蛋白质的合成帮助人体消化吸收，还有生物拮抗及免疫等生理作用，所以有保持人体健康的作用。

2、致病性类型(如韦氏梭菌、葡萄球菌、变形杆菌、假单胞菌)：在生态平衡时，这些菌数量少，不会致病，是保持微生态平衡的必要组成部分，但如果数量超出正常水平则可引起人体发病。

3、中间性类型[如乳杆菌、大肠杆菌(大肠埃希菌)、链球菌、韦荣球菌]：数量介于共生性类型与致病类型之间，其作用也介于两者之问，有生理作用和致病作用两个方面，具有潜在的有害性，中间类型增加，可导致腐败物质(如氨、硫化氢、胺、酚、靛基质)、细菌毒素、致癌物(亚硝基化合物、还氧化物、次级胆汁酸)增加，从而可能导致疾病或衰老。 

有益菌主要包括双歧杆菌和乳杆菌。这两种菌属中无任何明显致病的菌种，它们在母乳喂养的婴儿肠道中的优势是可以预防感染，在成人它们是肠道屏障功能和促进正常免疫功能的主要菌群。

而治病菌，如芽孢梭菌、减硫菌等，则通过产生毒素而引起腹泻、黏膜破坏和肿瘤发生。