经肛门指诊和肛门镜检查，再结合临床表现，不难确诊肛乳头肥大和肛窦炎。
当肛乳头肥大时，肛门指诊可以触摸到质地硬，表面光滑，活动度好的无触痛的小肿物，在肛门镜下可见到齿线处生长着泛白的呈锥状的肉赘。结合肛内异物感或不适感，就可以确诊为肛乳头肥大。
当肛窦发炎时，肛门指诊可在肛内触到有明显的压痛的凹陷或有明显触痛的硬结，患者会因为疼痛而肛门紧缩。肛门镜下可以见到发炎的肛隐窝充血发红。结合肛内疼痛、排除痔、裂等肛肠疾病后，就可以确诊为肛窦炎。
