肛瘘初期是以脓肿的局部体征和全身症状为主。

1、流脓：专家介绍说，脓液的多少，因瘘管的长短、大小而不同。新生成的肛瘘流脓较多，脓稠、味臭，肛瘘图中可见其颜色为黄色。以后逐渐减少，时有时无，呈白色，质稀淡。如脓液忽然增多，表示有新瘘管生成;有时外口暂时封闭，流脓停止，体温上升，局部肿胀，再度形成脓肿。封闭的外口再穿破或形成另一新外口，又有脓液流出。内外瘘粗大者，有时粪便和气体由外口流出。

2、疼痛：瘘管引流如通畅，一般不感疼痛，仅感觉在外口部位发胀不适，行走时加重。

3、瘙痒：肛门周围皮肤因分泌物经常刺激，感觉潮湿瘙痒，肛瘘图中我们还可发现皮肤有变色，表皮脱落的现象。

4、排便不畅：多见于蹄铁形肛瘘，因瘘管围绕肛管，形成半环状纤维索环，因而影响肛门舒张，可出现排便不畅。

5、全身症状：一般肛瘘常无全身症状。但复杂性肛瘘和结核性肛瘘，因病期长，有的带病数十年，常出现身体消瘦、贫血、便秘和排便困难等症状。如继发感染，再发脓肿时，则出现脓肿的症状。