在平常的生活中，一般情况下，肛门囊肿没有明显的临床症状，只有感染扩散形成肛周脓肿以后，肛门部位才产生红、肿、热、痛的炎症症状。肛门囊肿形成肛周脓肿以后，主要表现为肛门周同围发红、肿胀、疼痛或跳痛，肛门坠胀，肛门周围可触及疼痛性肿块，甚至大小便困难，寒战，发热、全身乏力等。如果肛门脓肿位置深，肛周局部症状往往不明显，而全身症状却显著，肛内坠胀可波及下腹部。肛门脓肿的形成在起病三至七天，肛门脓肿溃破后疼痛缓解，全身症状也减轻，形成肛瘘，如果发生这种症状，必须及时治疗。

而肛周脓肿一般具有三种症状，即：

1、硬结肿块：初期，肛门周围突起一硬结肿块，并逐渐增大，时间长了有的可自行破溃。

2、疼痛：疼痛为肛周脓肿最常见的症状，为逐渐加重的持续性肿痛或跳痛。患者行走不便，端坐受限。

3、发热：肛周脓肿患者，局部会出现红肿并伴有发热现象，常为低热，有时可出现高热，患者体温可在37℃~40℃之间。

此外，患者还会有全身倦怠不适，食欲不振，睡眠欠佳等不适症状的发生。