发生肛周脓肿时，患者会感到肛门周围剧烈疼痛，红肿发热，坠胀不适。不久会发生体温升高，精神怠倦，食欲缺乏，大便秘结，小便不畅等症状。脓肿发生在深部时会阴及骶尾部会出现胀痛，还会出现发热、发冷等全身症状。医生检查可摸到柔软波动的脓腔，此时用注射器穿刺可抽出脓液。如行切开排脓处理，或脓肿自溃流脓后，局部疼痛等症状就会缓解或消失，体温下降，全身情况改善。
