大多数炎症性肠病的患者并不缺乏矿物质。但是，在溃疡性结肠炎和克罗恩病引起的大肠炎的患者中，铁缺乏的现象比较常见，这是由于大肠炎症和溃疡引起的肠道慢性失血导致的。对于出现明显贫血症状的患者，可以服用铁剂治疗(包括片剂和液体制剂)。根据铁缺乏的程度和患者的耐受情况，每天服用1—3次。剂量可以每天300～600mg。口服铁剂会导致大便发黑，有时可能和肠道失血引起的大便发黑混淆起来，需要加以鉴别。
反复吐泻、长期使用强的松治疗会导致钾离子的缺乏，因此需要补充含钾片剂。慢性腹泻或广泛小肠病变的患者可能伴随镁离子的缺乏，可以口服氧化镁。
机体需要的微量元素的量是很小的，但它们有一些很重要的生物学功能。微量元素缺乏常常出现在克罗恩病的患者身上，尤其是那些有着广泛小肠炎症和营养状况不佳的患者。