肛门部软下疳的潜伏期短，感染后1—3日内即可发病。初期为一红色斑点，渐渐变成丘疹，后成脓包，破溃后形成圆形或卵圆形溃疡，边缘不整，可潜行性的穿凿，质软，底有灰色坏死组织，覆盖有脓性分泌物。常为多处损害，数个溃疡同时发生，向外蔓延，有时互相连合，周围组织发炎，疼痛明显。同时伴有腹股沟淋巴结肿大，分泌物内有软下疳链球菌。