经常洗肠除易造成逆向感染和易污染尿道和阴道外，还可能引发其他问题。

( 1 ）洗肠降低便秘的敏感性。便秘者，肛门括约肌功能不是很协调，如果反复洗肠，外来导管在肛门处进进出出，可使肛门括约肌更为松弛，以致对便意的敏感性更差。

( 2 ）洗肠易产生依赖性。便秘者，平时排便用力少，通过洗肠可以轻松排便，可使他们更懒得主动大便，进一步引起肛门括约肌功能的萎缩和不协调。如果对洗肠产生依赖性，有些人会就此情有独钟，后果将不容乐观。临床上，任何一种治疗方法都要考虑它的有效性和长期性，洗肠不能从根本上解决便秘问题，且长期坚持费用昂贵，到头来吃苦的还是自己。

( 3 ）洗肠易引起肠道菌群失调。正常人肠道中有正常菌群，肠道菌群对大便的形成以及维持人体内环境的稳定有很大作用，经常洗肠容易引起肠道菌群失调，导致肠道功能紊乱，引起腹部胀气、腹泻等症状。