便秘与肠内细菌的关系，早在20世纪20年代便有相关的研究，许多报告一致指出，如能增加肠内的有益菌，即可迅速有效地改善便秘。近来的研究发现，便秘者粪便中的双歧杆菌、乳酸杆菌均显著较少，梭杆菌、肠杆菌显著增高。提示便秘患者肠道菌群的微生态平衡受到破坏，主要表现在双歧杆菌为主的益生菌数量显著减少，腐败梭菌等条件致病菌数量显著增高。由于双歧杆菌属等能产生大量的有机酸，能促进肠道蠕动，但若这些菌群减少，则可造成肠道蠕动减弱而出现便秘。如出现便秘，粪便长时间积留在肠道，粪便中存在多种不利于正常细菌生长的因素，很容易造成肠道内需氧菌与厌氧菌菌群数比例的改变，使肠道正常菌群发生紊乱，从而减弱对肠蠕动的刺激和调节作用，可见菌群失调和便秘可能互相促进，造成恶性循环。因此，对慢性便秘患者肠道菌群的平衡重建，是预防和治疗该病的重要的方法。