肛窦是位于齿状线上，呈开口向上的漏斗状凹陷小窝，亦称肛隐窝。像这种“小口袋”每个人约有6～8个，每个约深3—5 mrn，底部有能够分泌液体的肛腺和肛腺导管，平时能分泌黏液以润滑大肠，好似天然“润滑油”，起保护直肠肛门的作用。

本身有引流不畅和易被阻塞的特点，故一旦受到细菌感染，即不易被清除。因此，当腹泻时，稀便容易积存于内，这就有利于细菌的侵入和繁殖，从而导致受侵犯的产生炎症、水肿及渗出液增多。由于侵犯的部位不同，可引起不同类型的痔瘘病。据统计，有85％的痔瘘病都是由于被感染所引起的，约有90％的肛管直肠瘘的内口在处。

此外，由于干硬粪块擦伤或腹泻稀便侵入易感染肛隐窝，引起充血肿胀压迫，从而造成窝底肛腺导管阻塞，称为肛隐窝炎。肛隐窝炎通过感染肛腺蔓延扩散并穿过肠壁括约肌，直达直肠肛管周围间歇引起感染脓肿，可见肛隐窝炎与肛直肠脓肿的发生关系极为密切。因此，许多学者一致认为：是一切肛周感染性疾病的“发源地”，如肛乳头炎、肛瓣膜炎、肛周脓肿、肛瘘等，并间接诱发痔病，是引发各种肛门疾患的“危险地带”。