肛门是肛管的外口，在臀部正中线会阴体与尾骨之问。肛门部皮肤较身体其他部位皮肤厚，因色素沉着而呈黑色。在排粪便时肛门口松弛呈圆形，直径约3厘米。肛门部只有浅筋膜没有深筋膜，浅筋膜把蜂窝组织分成很多小叶并与坐骨直肠窝内的脂肪相连，故浅筋膜内有化脓感染时可大范围扩散，这也是肛门瘘常难以一次根治的原因。另外，肛门周围神经和血运都非常手富，所以肛门手术后比较疼，却不易感染。
