克隆病主要累及回肠末段、右侧结肠及直肠肛门周围，在病理上缺乏特异性的形态学诊断指标。克隆病在病理上只是见到病变部位肠乳膜脆性增加，血管减少甚至消失，有针尖样浅表溃疡，溃疡比较分散，溃疡间的黏膜正常。中晚期的克隆病肠黏膜溃疡大而深，边缘增厚，长度在几厘米到数十厘米不等，但边界清楚，被称为裂隙状溃疡。另外，克隆病肠黏膜常呈现"卵石征"表现，即黏膜水肿区域呈现不规则的、大小不等的结节隆起样增生，尤如铺了卵石一样。综上所述，裂隙状溃疡、卵石征、肠道皇节段性的全壁炎是克隆病较典型的病理改变。