在我国，由于克隆病的低发病率、慢性过程和非特异性，最初几乎无一例外地将肛周克隆病都误诊为一般肛肠病。肛周克隆病和一般肛肠病最根本的区别就在于其中之一能否作出克隆病的诊断。内镜检查对克隆病的诊断是十分重要的，也是区别二者的唯一方法，如果肛门疾病者同时合并有肠道疾病就有可能是克隆病，原则上一定要做内腔镜检查。克隆病患者肛周病变先于肠道病变出现者，约占克隆病病例的10％左右，因此当肛周出现肉芽肿性溃疡，肛瘘有多个外口，肛缘皮赘硕大时，需要格外注意，因为这有可能是肛周克隆病。