阿米巴性结肠炎是由溶组织阿米巴引起，典型病例与溃疡性结肠炎容易区别，病变多发于盲肠和升结肠。内镜下可见到溃疡孤立、分散、较深，形态多呈三角形，也称为“烧瓶样溃疡”；病变呈区域性分布；在病变部位活检或分泌物中以及患者粪便中可查到溶组织阿米巴滋养体或包囊；抗阿米巴治疗有效。

确诊阿米巴结肠炎最可靠的方法是病变黏膜区域活检阿米巴滋养体。阿米巴滋养体在溃疡面坏死组织中最易找到，因此，活检取材时不仅要取溃疡边缘，也要取溃疡中心坏死组织，才能提高其诊断阳性率。粪便检查时应取新鲜标本于30 分钟内检查滋养体，并将粪便浓缩处理后检查包囊。当找到活动的吞噬有红细胞的溶组织阿米巴滋养体即可确诊。