溃结的病理变化在急性发作期和慢性期是不一样的。在急性发作期炎症呈连续性炎性变化，纤维结肠镜下可见病变处黏膜发红、肿胀、点状糜烂与弥漫性出血，溃疡形成。如果只是肠黏膜的溃疡，说明病变尚属初期，如果溃疡累及到黏膜下层，可见到圆形的肌肉纤维，说明病变已属晚期。在溃结慢性期，病变的黏膜表现为充血并呈颗粒状，肉芽组织形成，肠上皮再生，最后可发展成息肉样赘生物，亦即炎性息肉。当然，疾病的发展变化是复杂的，溃结的病理变化常可见到浅表溃疡和肉芽组织形成交替发展的情况。