无论是做乙状结肠镜检查，还是做纤维结肠镜或电子结肠镜检查，在镜下均可做黏膜活检。一般在病变部位取1~6块活组织，由于活检钳钳瓣呈半球形，内径约2毫米，取出的组织很小，深度不超过豁膜肌层，故对戮膜组织损伤不大。虽然活检处可暂时有少量渗血，但一般很快便能自行停止。做活检时，患者一般无感觉，少数患者有轻度牵拉感，并不会增加患者的痛苦。活检后引起出血不止或穿孔的概率极小。为避免此类并发症的发生，要求术者不在同一处多次进行活检，有血管性病变时不做活检，避免在憩室或溃疡底部做活检。

能够直接取毅膜活组织做病理检查明确病变的性质，是结肠镜检查比气钡灌肠等检查好的一个突出优点。