常用的辅助检查项目包括：
(1)血液检查 可发现是否存在贫血或感染的迹象。近来欧美国家有报道某些自身抗体的检测有助于鉴别溃疡性结肠炎和克罗恩病，但能否适用于亚洲患者尚有待证实。
(2)结肠镜检查 利用结肠镜作全结肠及回肠末段的检查是诊断克罗恩病最敏感有效的方法。同时可以辅以活检．提高诊断的准确率
(3)钡剂灌肠检查 这一方法不如结肠镜敏感和可靠，通常只用于不适宜进行结肠镜检查的患者。
(4)小肠造影、胶囊内镜检查 可观察小肠病变的情况，有助于确定肠腔狭窄的部位。
(5)CT检查 可同时观察整个肠道和周围的情况，对于与肠道恶性肿瘤的鉴别以及有无腹腔脓肿等并发症的诊断有重要价值。
由于克罗恩病的病变范围广，其诊断往往需要多种检查方式相互配合。