肛瘘是肛管或直肠腔与肛门外皮肤相通的异常管道，是肛周脓肿发展的一种结果。肛周脓肿并非都会发展成肛瘘，因为肛周脓肿有成瘘性脓肿和非成瘘性脓肿之分。

绝大多数肛周脓肿最常见的原因就是肛腺感染。肛腺存在于肛管皮肤下和黏膜下，开口于肛管齿状线处。在肛腺中形成的感染灶逐渐形成肛周脓肿。如肛周脓肿没有得到及时的医治，破溃或手术后，伤口久不愈合就会形成肛瘘。这种可以形成肛瘘的肛周脓肿即成瘘性脓肿。有的成痰性肛周脓肿在手术时处理好内口，也就是说把肛腺处理好了，也不会形成肛瘘。

还有大约5％的肛周脓肿与肛腺没有关系，也叫非成瘘性脓肿，比如外伤后形成的脓肿，或者来源于皮肤的感染，因为不与肛腺相通，一般就不会形成肛瘘。